2024年7月25日，来自东南大学的谢芃研究员和林承棋、罗卓娟教授领衔的研究团队，在权威生物信息学期刊《Bioinformatics》上发表了题为“SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data”的研究论文。该研究的核心贡献在于开发了SpatialQC这一创新工具，填补了当前空间转录组数据分析流程中缺乏一站式质控（QC）工具的空白，并进而促进了数据质量的提升与分析流程的简化。
空间转录组学的出现揭示了生物组织内部的空间异质性，极大地推进了为我们对细胞间及分子间相互作用机制的深层次理解。在空间转录组学领域内，数据的质量控制（QC）是影响数据分析准确性、可靠性乃至科学结论有效性的关键环节。当前，空间转录组数据分析流程普遍缺乏一个综合性的、一站式QC工具，以系统地评估和优化数据质量，这限制了数据处理过程的效率，还可能影响后续分析的深度和精度。鉴于此，开发一款具备高度自动化、全面覆盖数据质量评估各个方面的空间转录组QC工具显得尤为重要。
SpatialQC从切片、细胞和基因三个维度上实现了对空间转录组数据的综合自动化质控。该软件能够直接获得用于下游分析的清洁数据，并生成全面的交互式QC报告，以便用户探索与检查数据的质量。SpatialQC的设计广泛适用于包括Visium，Stereo-seq等基于高通量测序的空间转录组学数据，以及MERFISH，Xenium等基于成像的空间转录组学数据。论文的研究结果表明，SpatialQC在大多数空间转录组技术中均展示了良好的性能和准确性，使研究人员能够快速识别异常的切片、细胞，并进行进一步的定量分析。综上，SpatialQC为空间转录组学研究提供了一个高效、全面的质量控制解决方案。
东南大学生物科学与医学工程学院谢芃研究员、yh533388银河林承棋教授与罗卓娟教授为该论文的共同通讯作者。东南大学yh533388银河硕士生毛广尧和副研究员杨屹为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金和深圳市科技计划等项目的资助。（生科院）
论文链接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae458
